Durante algún tiempo fue aldea de cedros, siendo presidente de la Republica el señor Rafael López Gutiérrez así lo manifiesta la división política territorial de 1896. Se le dio categoría de municipio en 1920 cuatro años mas tarde pierde la categoría de municipio porque algunas comunidades fueron adhiriéndose a Orica y el Porvenir, y San Ignacio vuelve a ser aldea de Cedros; fue hasta en 1958 el 8 de diciembre durante el gobierno del doctor Villeda Morales que se le dio categoría definitiva de municipio.

En la década de 1980, se produce un proceso migratorio de pobladores de Varios sectores de las zonas aledañas. El Municipio de San Ignacio F.M, compuesta en su mayoría por obreros, en menos de un quinquenio la población llego a estar conformada por un promedio de 80 personas. Los primeros pobladores según testimonios de los ancianos de la comunidad, fueron Pedro Escober y Juana de León, Juan Escober y Juana Rodríguez, Inocente Escober y Albina Torres, Guadalupe Escober de Landa, Jesús Escober, José León Raudales, Entre otros.

Las primeras actividades productivas fueron la Ganadería, y la Agricultura (maíz y frijoles) y la siembra de hortalizas, la infraestructura vial estaba reducida a caminos de herradura para el traslado de los productos cosechados, lo que a su vez impedía un efectivo Traslado hacia Tegucigalpa de los enfermos en situación de emergencia. El entorno ecológico se caracterizaba por una flora abundante y la existencia de especies animales como: Venados, Ardillas, Conejos, Guatusas y Coyotes y otros.